Die Stiftung Fledermausschutz finanziert sich über Spenden und Legate. Sie wird zudem von Partnerorganisationen für spezifische Aufgaben unterstützt. Die wichtigsten sind:
Bundesamt für Umwelt BAFU: Unterstützt den Betrieb der Koordinationsstelle Ost für Fledermausschutz.
Zoo Zürich: Stellt Räumlichkeiten und Infrastruktur für Büros, Fledermaus-Welt und Fledermaus-Notpflegestation zur Verfügung und unterstützt einzelne Schutzmassnahmen. Zudem ist die Stiftung Fledermausschutz teil des Fellowship-Projektes des Zoo Zürich.
Zürcher Tierschutz: Unterstützt den Betrieb der Fledermaus-Notpflegestation und des Fledermausschutz-Nottelefons.
