Seit 2015 werden bedeutende Quartiere der drei Langohr-Arten (Braunes Langohr, Graues Langohr und Alpenlangohr) im Rahmen des Nationales Schutz- und Monitoringprogramm überwacht und jährlich kontrolliert. Das Monitoring erlaubt eine Früherkennung von Veränderungen oder allfälligen Störungen in den überwachten Kolonien und gewährleistet den nachhaltigen Schutz und die Sicherung dieser Langohrkolonien. Ähnlich wie beim Mausohrprogramm betreuen ehrenamtlich Mitarbeitende Kolonien, ermitteln die Anwesenheit oder zählen die Tiere (wo dies möglich ist) und sind erste Ansprechpartner vor Ort für Behörden, Gebäude Besitzende und die Bevölkerung.
Seit Beginn des Monitoring stieg die Anzahl der beobachteten Langohr-Kolonien in der östlichen Landeshälfte von 109 auf 161. In den Jahren 2020 und 2021 wurden insgesamt 161 Quartiere kontrolliert, davon 97 von Braunen Langohren, 13 von Grauen Langohren und 20 von Alpenlangohren. Bei 31 Quartiere ist die Artzugehörigkeit noch nicht geklärt. Ziel ist es, diese mittels genetischer Methoden zu ermitteln.
Da Langohrkolonien grundsätzlich klein sind und die Tiere sich oft im Gebälk verstecken, können nur ausnahmsweise Zähldaten erhoben werden. Aufgrund der versteckten Lebensweise aller drei Langohr-Arten, beschränkt sich daher der Grossteil der Erhebungen auf eine standardisierte Präsenz/Absenz-Kontrolle.
Das Braune Langohr (Plecotus auritus) kommt in der ganzen Schweiz und bis zur Baumgrenze vor, während sich die Vorkommen des Grauen Langohrs (Plecotus austriacus) auf den Jurabogen und diejenigen des Alpenlangohrs (Plecotus macrobullaris) auf die warmen Nordalpentäler und das Tessin beschränken. Dank dem Schutz- und Monitoringprogramm Langohren kann die Erhaltung ihrer Quartiere gewährleistet werden. Trotzdem scheinen sich die Bestände insbesondere beim Braunen Langohr im Mittelland weiter auszudünnen. Während die Wochenstuben des Grauen Langohrs und des Alpenlangohrs grundsätzlich sehr selten sind und unbedingt erhalten bleiben müssen.
Neben dem Schutz der Quartiere müssen auch Anstrengungen unternommen werden, um Flugkorridore zu erfassen und zu schützen. Beim Grauen Langohr müssen insbesondere auch dessen Jagdlebensräume in die Schutzbestrebungen einbezogen werden.
